Question:
Est-il possible que le coronavirus ou le SRAS soient synthétiques?
Sscheme
2020-02-04 07:54:07 UTC
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J'ai entendu plusieurs théories du complot concernant l'origine du nouveau coronavirus, 2019-nCov. Par exemple, le virus et / ou le SRAS ont été produits dans un laboratoire ou étaient une variante du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), expédiés par des travailleurs de laboratoire.

Je suis bien conscient que la bioinformatique a démystifié de nombreuses théories du complot impliquant des maladies infectieuses, l'une des plus importantes étant les programmes de vaccination contre la polio en Afrique qui étaient à l'origine du VIH, par exemple ici. De même, de nombreuses théories du complot sur les origines artificielles du VIH ont été renversées de la même manière à l'aide d'études bioinformatiques.

Avez-vous des preuves bioinformatiques qui démystifieraient les conspirateurs actuels au sujet des coronavirus?

Plus pertinent sur: https://skeptics.stackexchange.com/
Un répondre:
#1
+22
Michael
2020-02-04 22:30:12 UTC
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Les scénarios sont impossibles et seraient risibles s'ils n'étaient pas aussi sérieux. La preuve se trouve dans les arbres phylogénétiques. C'est un peu comme une scène de crime lorsque l'équipe médico-légale enquête. Nous avons fait suffisamment de scènes de crime souvent sur le site, collectant le pathogène, séquençant puis analysant - (maladies généralement négligées) sans aucune théorie du complot associée.

Le problème technique clé est que les coronavirus sont des zoonoses , les agents pathogènes transmis aux humains à partir de réservoirs animaux et d'arbres phylogénétiques aident vraiment à comprendre comment le virus est transmis.

Arbres

  1. L'élément clé de tous les arbres sont les chauves-souris . Des lignées de chauves-souris sont présentes à chaque point de la phylogénie du bétacoronavirus (arbre), à ​​la fois en tant que lignées paraphylétiques et monophylétiques, un exemple est cet arbre de bétacoronavirus ici. Signifiant que les nœuds reliant les branches de l'arbre à la «branche maîtresse», représentent des ancêtres communs et il s'agissait presque certainement de cornavirus transmis par les chauves-souris. Ceci est particulièrement vrai pour le SRAS et - ici les virus de chauve-souris sont PARTOUT.
  2. L'arbre ici montre également que le SRAS est apparu indépendamment à deux reprises, à nouveau entouré de lignées de chauves-souris et 2019-nCov est apparu séparément au moins une fois, à nouveau associé aux chauves-souris.
  3. Enfin, l'arbre ci-dessous est une figure de BioRxiv Zhou et al (2020) "Découverte d'un nouveau coronavirus associé à la récente épidémie de pneumonie chez l'homme et son origine potentielle de chauve-souris" montre que la lignée 2019-nCov est un descendant direct d'un virus très étroitement isolé d'une chauve-souris (RaTG13 *). C'est une découverte vraiment concluante BTW. enter image description here

Remarque , je ne présente normalement pas d'images en ligne, mais c'est une si belle découverte (indice aux critiques) et BioRxiv est en libre accès.

Théorie du complot 1 : virus fabriqué en laboratoire

Il faudrait littéralement que quelqu'un transmette un nouveau virus, avec une pathogénicité humaine inconnue, et introduise indépendamment tous les passages antérieurs en masse dans les populations de chauves-souris de Chine. Ils espéreraient alors que chaque lignée deviendrait une population virale indépendante avant, puis présenteraient le virus aux humains. Ainsi, lorsque des équipes de scientifiques sur le terrain utilisent des filets à brouillard pour piéger les chauves-souris, les acheter sur les marchés, isoler le virus et le séquencer, elles trouveraient une belle gamme de variations naturelles dans les populations de chauves-souris menant aux épidémies humaines, cela parfaitement. correspond à un grand nombre d'autres zoonoses virales. De plus, cela aurait dû se produire en grande partie avant le SRAS et le 2019-nCov, car les bétacoronavirus de la chauve-souris étaient connus avant les deux épidémies, à savoir. ce n'est tout simplement pas faisable.

Explication biologique Général Les chauves-souris sont un hôte réservoir d'un grand nombre d'agents pathogènes, en particulier de virus, y compris de nombreux alphavirus, flavivirus, rage virus et croyait être important dans l'ébolavirus (je ne sais pas à ce sujet) et même important pour plusieurs parasites eucaryotes. Cela a du sens, ce sont des mammifères, donc évolutifs beaucoup plus proches de nous que les oiseaux par exemple, avec un grand potentiel de dispersion et des gîtes dans des zones `` surpeuplées '' permettent une transmission rapide entre les chauves-souris.

Technique Les arbres montrent que les chauves-souris sont l'ancêtre commun des bétacoronavirus en particulier pour la lignée menant à l'émergence de 2019-nCov et du SRAS, cela se voit dans cet arbre, celui-ci et l'arbre au-dessus. L'explication évidente est que le virus circule de manière endémique chez les chauves-souris et a sauté dans les humains. Pour le SRAS, l'hôte intermédiaire, ou "vecteur" possible, était les civettes.

La théorie et les observations s'intègrent dans une réponse biologique transparente.

Théorie du complot 2 : Connexion au Moyen-Orient

J'ai entendu une théorie du complot très étrange tentant de connecter le MERS à 2019-nCov. La théorie était élaborée et je ne pense pas qu'il soit productif de la décrire ici.

Explication biologique Tous les arbres de bétacoronavirus montrent que le MERS a été l'un des premiers virus à diverger et qu'il est très éloigné de 2019-nCov, dans la mesure où la théorie est totalement invraisemblable. L'homologie entre ces virus est de 50%, il s'agit donc soit du MERS, soit du 2019-nCov. C'est plus extrême que de mélanger le virus de la fièvre jaune (mortalité 40-80%) avec le virus du Nil occidental (mortalité <<0.1%), les deux virus sont complètement différents à tous les niveaux.

Et qu'en est-il erreurs? Les phylogénéticiens peuvent le repérer à un kilomètre et demi. Il existe des signatures phylogénétiques révélatrices que nous collectons, mais nous le faisons également pour évaluer des phénomènes génétiques «rares». Il n'y a rien de «rare» dans les coronavirus. La seule anomalie est la variation de la queue poly-A et c'est la variation naturelle des expériences de séries chronologiques in vitro. Fondamentalement, nous avons examiné suffisamment de virses / parasites à travers les arbres, qui n'ont aucune théorie du complot (maladies souvent négligées), et comprenons comment la variation naturelle fonctionne - afin qu'un phylogénéciste puisse déplacer le blé de l'ivraie sans vraiment y penser. / p>

Opinion Les théories du complot sont profondément déplacées, et le seul lien que je peux imaginer est sa Chine. Cependant, les Chinois ont des tas de virus, la grippe en particulier qui provoque des pandémies majeures, mais cela est une conséquence de leur écologie naturelle (petite agriculture) permettant au virus de se déplacer entre les hôtes réservoirs. Je n'ai pas visité de petites fermes en Chine, mais j'en ai fait dans d'autres parties du monde et quand vous les voyez, vous l'avez. Les cochons, poulets (canards .. Chine), chiens, chevaux et humains vivent tous à moins de 10 mètres les uns des autres.

Conclusion Expédition d'un grand nombre de chauves-souris au marché, soupe de chauve-souris, viande crue de mammifères arboricoles (vivant dans les arbres) tels que les civettes sympatriques aux chauves-souris. Considérons ensuite l'épidémiologie classique à la lumière des données phylogénétiques, qui sont très cohérentes, une seule image se dégage que le coronavirus est l'une des nombreuses zoonoses qui a réussi à se transmettre entre patients.

Résumé Le point fondamental est la bio-informatique s'inscrivant dans l'épidémiologie classique d'une zoonose.

*, Note Le coronavirus de la chauve-souris RaTG13 est antérieur à l'épidémie de 2019-nCov de 7 ans. On ne sait même pas si le virus a été isolé, c'est-à-dire qu'il pourrait simplement s'agir d'une séquence d'ARN.

"Ils ont trouvé quelque 500 nouveaux coronavirus, dont environ 50 sont relativement proches du virus du SRAS sur la famille arbre, y compris RaTG13 - il a été pêché à partir d'un échantillon de matières fécales de chauve-souris qu'ils ont collecté en 2013 dans une grotte de Moglang, dans la province du Yunnan. "

Cohen," Mining coronavirus genomes for indices to the epidome's origines "Feb, Magazine scientifique 2020,

Qu'en est-il des "résidus d'acides aminés" dans "4 inserts" qui "ont une identité ou une similitude avec ceux du VIH-1 gp120 ou du VIH-1 Gag", qui sont mentionnés par [cette équipe indienne] (https: // www. biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1), et qui sont probablement les mêmes mutations évoquées par ce [professeur taïwanais] (https://asiatimes.com/2020/02/covid-19-may-be- les prétentions de l'homme-taiwan-savant /)? Ont-ils inventé cela? Leurs conclusions sont-elles fausses?
Nous avons examiné une question très similaire ici, https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/11283/a-new-paper-suggests-the-corona-virus-has-uncanny-similarity-of-unique-inserts/11289# 11289
Fait intéressant, un article plus récent suggère que la similitude globale avec RaTG13 peut être un peu trompeuse, pointant plutôt GD Pangolin-CoV: "Curieusement, ces mêmes six AA critiques sont identiques entre GD Pangolin-CoV et SARS-CoV-2 [16 ]. En revanche, bien que les génomes de SARS-CoV-2 et RaTG13 soient globalement plus similaires, seul un des six sites fonctionnels est identique entre les deux virus (Fig. 1B). [...] "https: // doi .org / 10.1093 / nsr / nwaa036
Cela semble à son tour avoir provoqué une controverse http://virological.org/t/response-to-on-the-origin-and-continuing-evolution-of-sars-cov-2/418


Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 4.0 sous laquelle il est distribué.
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