Question:
Format PDB: numéro de remarque pour le texte libre
Marcin Magnus
2017-06-23 20:59:36 UTC
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Je voudrais ajouter un texte aux fichiers PDB que je traite avec mon outil, rna-pdb-tools. Quelqu'un souligne que la manière dont je l'utilise actuellement n'est pas correcte ( https://github.com/mmagnus/rna-pdb-tools/issues/48).

J'utilise actuellement HEADER, ce qui n'est pas correct.

  HEADER Généré avec rna-pdb-toolsHEADER ver 37c5b4e-dirty HEADER https://github.com/mmagnus/rna-pdb-tools HEADER Mon Oct 10 22:18:19 2016ATOM 1 PCA 1 -19.687 -3.296 65.469 1.00 0.00 P 

Savez-vous quel numéro de remarque utiliser? ( http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/remarks1.html)?

Trois réponses:
#1
+4
Dan
2017-06-26 03:03:05 UTC
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D'après ce document, il semble que REMARK 250 est la voie à suivre.

Génial! J'ai décidé d'utiliser votre réponse https://github.com/mmagnus/rna-pdb-tools/commit/b11d33eba8e1311e89d98ba70e2eb087db878982
Pourquoi? Cette remarque est réservée spécifiquement pour les détails de la méthode expérimentale (par exemple la diffraction de poudre) sur laquelle le modèle est basé.
#2
+2
Mitra
2017-07-24 20:56:04 UTC
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MODIFIER:

En fait, après avoir examiné plus en détail la documentation; REMARQUE 3 peut être le plus pertinent par rapport à ce dont vous avez besoin. D'autres outils sont rapportés dans cette section.

REMARQUE 3 présente des informations sur le (s) programme (s) de raffinement utilisé (s) et les statistiques associées. Pour les études de non-diffraction, REMARK 3 est utilisé pour décrire tout raffinement effectué, mais son format est principalement du texte libre.

En savoir plus sur Remarque 3


De la même source que vous vous référencez v 3.3, je dirais que REMARK 0 serait plus précis que REMARK 250 .

REMARQUE 0 (mis à jour), Avis de raffinement REMARQUE 0 identifie les entrées dans lesquelles un raffinement a été effectué en utilisant les données d'une entrée existante. Cette remarque décrit également le code PDB et les enregistrements de journal pour l'ensemble de données d'origine.

Alors que lorsque vous considérez la définition de REMARK 250

- qui suit directement:

  • REMARK 205 (spécifique à l'expérience de diffraction de fibre),
  • REMARK 201 (et REMARK 215/217 tous spécifiques à l'expérience RMN),
  • REMARK 230 (étude de diffraction neutronique),
  • REMARK 240 (étude de cristallographie électronique) et
  • REMARK 245 (et REMARK 247 : spécifique à l'étude EM)

REMARQUE 250, Autre type d'expérience Détails

REMARQUES spécifiques à d'autres types d'études, non listées ci-dessus. REMARQUE 250 est obligatoire s'il ne s'agit pas d'une étude par rayons X, RMN, neutrons ou électrons. Le format de la date dans cette remarque est JJ-MMM-AA. JJ est le jour du mois (un nombre de 01 à 31), MMM est l'abréviation anglaise de 3 lettres pour le mois et YY est l'année.

puis REMARQUE 265 concerne également l'expérience de cristallographie.

Par conséquent, je sais que personnellement, je suppose généralement que tout ce qui est annoté dans REMARK 250 est pertinent pour la première expérience d'acquisition pour moi.

Une autre raison pour laquelle je suis plus enclin pour penser que REMARK 0 est plus précis, c'est parce que la définition de REMARK 0 a été mise à jour tandis que REMARK 6-99 ne sont plus destinés à l'utilisation d'annotation de texte libre .

BTW, je ne sais pas comment Pdb_extract ferait avec les remarques lors de la conversion du Fichier PDB en fichiers CIF. Il serait probablement utile de parcourir la page PDB vers PDBx / mmCIF Data Item Correspondences.

#3
+1
marcin
2020-03-30 22:29:18 UTC
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Utilisez un numéro de REMARK non réservé à autre chose.

Le champ REMARK était initialement destiné aux remarques générales. Dans la description du format de 1992, seuls les numéros 1 à 3 étaient réservés pour des choses spécifiques, avec la note: D'autres commentaires généraux sont donnés dans des REMARQUES numérotées plus élevées .

Ensuite, dans le les années suivantes, d'autres numéros de remarques ont été réservés (et parfois retirés) pour diverses annotations spécifiques. Le contenu des remarques se formalisait de plus en plus, pour faciliter son analyse par les ordinateurs. Les spécifications de 1996 et 1998 recommandées:

Les annotations de remarque non standard, ou celles sans sujet clairement défini ou sans numéro de remarque attribué, apparaissent avec le numéro de remarque 6 ou plus grand, mais moins que la remarque numéro 100.

Je suivrais toujours ce conseil.Il est généralement entendu que lors de l'analyse des fichiers PDB, on peut avoir des enregistrements REMARK personnalisés.J'ai vu aussi des programmes qui génère des remarques sans chiffres - et cela ne pose pas non plus de problèmes avec un lecteur PDB raisonnable. D'un autre côté, l'utilisation de remarques avec des nombres réservés à des choses très spécifiques (comme la remarque 250 dans la réponse la plus positive) peut prêter à confusion. / p>

La spécification actuelle (à partir de 2012) est une description précise des fichiers servis par le wwPDB. Il ne tente pas de définir un format pour d'autres utilisations, telles que le passage de données entre programmes. Dans la section sur les REMARQUES 6-99, il y a le dernier point disant: "Les REMARQUES 6-99 ne sont plus destinées à l'utilisation d'annotations en texte libre", car ces remarques ont été supprimées des anciennes entrées de la PDB. Mais cela n'empêche pas de l'utiliser en dehors du wwPDB.



Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
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