einonm
2017-06-07 10:25:27 UTC
J'utilise plusieurs ensembles de données qui sont encodés à l'aide d'identifiants Entrez ou Ensembl pour spécifier des gènes, et je dois décider sur lesquels normaliser.
Y a-t-il des raisons majeures d'utiliser l'un par rapport à l'autre ?
Quels outils et tableaux de conversion sont les meilleurs à utiliser pour cela?
Il peut être utile de préciser davantage votre cas d'utilisation particulier. Je n'ai pas de réponse à votre question, mais il est possible que les avantages et les inconvénients des deux bases de données diffèrent selon ce que vous essayez de faire.
Il y a une discussion sur Biostar dans le même sujet. https://www.biostars.org/p/16505/
Salut einonm, merci pour votre question et bienvenue sur Bioinformatics Stack Exchange. La bioinformatique est un vaste domaine avec une vaste gamme d'outils et de bases de données, dont beaucoup ont presque le même objectif mais sont conçus pour s'attaquer à un problème particulier. Comme @roblanf l'a souligné, il serait utile que vous puissiez ajouter un peu plus d'histoire / contexte à votre question afin que la communauté puisse mieux comprendre le problème. Une question plus précise signifie que les chances d'une bonne réponse pertinente sont augmentées.
Il ne s'agit pas seulement de savoir quels ID utiliser, mais également de quels modèles de gènes utiliser. Même si un gène Ensembl a une référence croisée avec un gène Entrez, c'est uniquement parce que le pipeline de xréf Ensembl a décidé qu'ils sont _ assez similaires_.