Question:
Qu'est-ce que «k» dans le séquençage?
Jonathan
2019-12-28 07:30:35 UTC
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Lorsqu'une séquence d'ADN est séquencée, je n'ai jamais traité que de A, T, C, G et N qui indiquent des bases non identifiables. Cependant, je suis tombé sur un «k» récemment et j'avais demandé à un autre chercheur qui m'a donné une réponse pour ce que «k» représente mais je ne me souviens pas très bien. Il ne peut pas s'agir simplement d'une anomalie dans ce fichier de séquence. Des idées?

K est aussi l'acide aminé de la lysine (et les k-mers sont autre chose bien sûr)
Deux réponses:
user6690
2019-12-28 07:52:09 UTC
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Voir codes IUPAC:

IUPAC codes

Donc, comme vous pouvez le voir ci-dessus, K signifie "Soit G ou T".

Michael
2019-12-28 10:12:48 UTC
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Il est recommandé d'apprendre le code nucléotidique dégénéré. Dans le séquençage, cela peut signifier des données de séquence de mauvaise qualité, mais dans la conception des amorces, cela est utile. R (mutation dans les purines) et Y (mutation dans les pyrimidines) sont courants. K, une mutation purine en pyrimadine ou pyrimadine en purine est, à mon avis, rare. Je traiterais une mutation K avec précaution et considérerais le codon triplet qui l'entoure, c'est-à-dire si elle fait partie d'un gène de protéine.

La plupart des programmes phylogénétiques fonctionneront avec le code nucléotidique dégénéré, donc en théorie, vous pouvez toujours obtenir des informations utiles avec.



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