Question:
Convertisseur entre PDB ou mmCIF et MMTF
marcin
2017-06-13 18:29:05 UTC
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Je voudrais tester MMTF, un nouveau format de stockage de structures biomoléculaires qui est promu par le RCSB comme une alternative plus compacte à mmCIF et PDB.

De FAQ MMTF:

  • Comment convertir un fichier PDBx / mmCIF en fichier MMTF?

    La bibliothèque BioJava contient des méthodes pour lire et écrire des fichiers PDBx / mmCIF et des fichiers MMTF.

Puis-je faire une telle conversion, idéalement à partir de la ligne de commande, mais sans écrire mon propre programme Java ?

Quatre réponses:
Rosalind Was Robbed
2017-06-15 03:42:30 UTC
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J'ai écrit un script très rapide et sale pour gérer la conversion entre les types de fichiers en utilisant BioJava.

https://github.com/eedlund/Utils/tree/master/BioUtils

Téléchargez le fichier jar ici

Pour exécuter: java -jar BioUtils.jar $ FILE $ TYPE

où \ $ FILE est un fichier PDB ou mmCIF que vous souhaitez convertir et \ $ TYPE est le format du fichier de sortie [PDB, CIF, MMTF].

Cela prend-il en compte les assemblages biologiques, ou convertit-il simplement par ex. MMTF à un PDB de l'unité asymétrique?
Marcin Magnus
2017-06-13 23:55:37 UTC
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Vous avez regardé ceci https://github.com/rcsb/mmtf-python

"L'implémentation python de l'API MMTF, du décodeur et de l'encodeur."

mais comment l'utiliser pour convertir entre MMTF et autre chose?
Il existe également un encodeur / décodeur C ++ disponible ici: https://github.com/rcsb/mmtf-cpp
James
2019-11-27 18:46:55 UTC
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Ce script python utilise Biopython et fait bien le travail même sur de grandes structures. Par exemple:

python cif2pdb.py 4ckh-assembly-1.cif 4ckh-assembly-1.pdb

Cela génère la structure ci-dessous.

A large protein structure

La question portait sur la conversion vers / depuis MMTF. Pour PDB <-> mmCIF, il y a trop d'outils pour tous les lister. Par exemple, je maintiens [gemmi] (https://github.com/project-gemmi/gemmi) qui devrait être au moins d'un ordre de grandeur [plus rapide] (https://github.com/project-gemmi/ mmcif-benchmark) que BioPython et il convertit également plus de champs (mais je suis évidemment biaisé).
@marcin Merci pour la mise en garde. Comme il s'agit probablement d'une conversion plus courante, j'ai ouvert une nouvelle [question] (https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/10896/how-to-quickly-and-robustly-convert-b between-mmcif-and -pdb).
jgreener
2020-03-31 16:31:49 UTC
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Vous pouvez le faire avec BioStructures.jl dans Julia. Toutes les 6 transformations entre PDB / mmCIF / MMTF sont possibles.

Par exemple, PDB vers MMTF: 

  en utilisant BioStructuresstruc = read (in_filepath, PDB) writemmtf (out_filepath, struc)

mmCIF à MMTF: 

  en utilisant BioStructuresstruc = read (in_filepath, MMCIF) writemmtf (out_filepath, struc)


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Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
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