Question:
Existe-t-il un ensemble de données multi-omiques accessible au public?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Je recherche un ensemble de données multi-omiques pouvant inclure la génomique, la transcriptomique et la protéomique (par exemple, snyderome). J'ai besoin d'un tel ensemble de données à des fins d'exploration de données d'introduction. Cela peut donc provenir de n'importe quel organisme hôte et de toutes les méthodes / conditions expérimentales.

Y a-t-il une base de données / référentiel où je peux le trouver?

Avez-vous vraiment besoin des 3 ou est-ce que 2 d'entre eux fonctionneront? Pour la «génomique», voulez-vous des marques d'histone (ou méthylation) ou simplement DNAseq (par exemple, pour l'appel de variante)?
la génomique (DNAseq) serait essentielle. reposer toutes les couches (au moins deux) fonctionnerait.
Veuillez [modifier] votre question et clarifier ce dont vous avez besoin. Tout doit-il provenir de la même cellule ou de la même personne? Recherchez-vous l'ensemble des protéines exprimées, l'ARN transcrit et la séquence génomique associée? Ou peut-être ceux d'une condition spécifique? Qu'est-ce que la génomique parallèle?
Je voulais faire une suggestion pour reformuler la question, mais apparemment j'ai fait le montage. S'il ne dit pas maintenant ce que vous vouliez, n'hésitez pas à le modifier ...
Trois réponses:
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Il existe une base de données appelée OmicsDI, dans laquelle on peut rechercher des ensembles de données multi-omiques.

Voici un lien de la publication associée (Perez -Riverol, Yasset, et al. "Omics Discovery Index-Discovering and Linking Public Omics Datasets." BioRxiv (2016): 049205.) pour plus de détails.

user2368936
2017-06-04 04:06:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Plusieurs ensembles de données sont disponibles sur GEO, mais vous devez les rechercher. Par exemple, voici trois ensembles de données qui ont à la fois le profilage de la méthylation Illumina et de l'expression génique des microréseaux:

Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

À côté d'OmicsDI, EBI dispose d'un référentiel spécial pour les ensembles de données multi-omiques: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Il relie les différents ensembles de données entre référentiels, ie. PRIDE pour les données MS / MS et ArrayExpress pour les données RNASeq.



Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
Loading...