Nous avons une conception expérimentale comme indiqué ci-dessous
où nous avons administré des médicaments à 0 min pour chaque génotype de souris et les avons retirés à des intervalles donnés ci-dessous. Les modèles de souris wt et ko ont été administrés uniquement avec le véhicule qui serait notre contrôle négatif.
Le protocole échoué rnaseq (total rna) truseq aimerait voir les différences entre chaque point de temps par rapport au véhicule, étoile utilisée aligner pour s'aligner sur mm9, htseq pour le nombre de gènes.
type d'échantillon tempsWT Véhicule 30 minKO Véhicule 30 minWT Médicament 30minKO Médicament 30minWT Médicament 1 heureKO Drogue 1 heureWT Médicament 2 heuresKO Drug 2hourWT Drogue 3 heuresKO Drug 3hour
Nous n'avons pas de répliques et ne pouvons donc utiliser aucun des outils statistiques d'expression différentielle (posé cette question chez bioconductor où le Dr Love lui-même a répondu lien vers la question posée) où il a suggéré un modèle linéaire.
nous nous demandions si quelqu'un pourrait nous aider avec une telle conception (articles / analyses précédemment effectuées) ce que nous aimerions voir est une comparaison / différences (significatives) entre ces groupes (véh vs 30min, véh vs 1 heure, beh vs 2 heures, véh vs 3 heures)