Question:
Comparez la qualité d'alignement de plusieurs exécutions de séquençage alignées sur le même génome de référence
Scott Gigante
2017-05-17 07:18:02 UTC
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J'ai exécuté le séquençage MinION d'Oxford Nanopore Technologies sur le même échantillon d'ADN à l'aide de trois cellules de flux, chacune alignée sur le même génome de référence (E.coli K12 MG1655) en utilisant à la fois BWA MEM et GraphMap et stockées sous forme de fichiers BAM.

Comment puis-je analyser de manière quantitative et efficace la qualité de l'alignement (pourcentage d'identité, taux d'insertion, taux de suppression) de chacun de ces fichiers?

Un répondre:
roblanf
2017-05-17 08:10:03 UTC
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Qualimap le fera pour vous.

  1. Accédez à qualimap.bioinfo.cipf.es
  2. Exécutez qualimap (les paramètres par défaut conviennent) sur chaque fichier BAM
  3. Ouvrez la sortie HTML, et vous pouvez lire le% d'identité (ils mesurent le contraire, c'est-à-dire le taux de non-correspondance, mais 100% - le taux de non-correspondance est le% d'identité bien sûr), le taux d'indel, etc. ol>

    Une chose à surveiller (vous ne le mentionnez pas dans votre question, mais juste au cas où) est que vous ne pouvez pas comparer directement les scores Q - ils sont un peu désordonnés et calculés très différemment dans chaque pièce du logiciel.

    Suggestion non sollicitée: vous pouvez également essayer NGM-LR pour mapper les données MinION. Nous avons trouvé qu'il surpasse les autres pour nos données (bien que nous mappions vers une référence distante).

Merci pour la suggestion. Pour clarifier, est-ce l'alignement auquel vous faisiez référence? https://github.com/philres/ngmlr
Oui. L'affiche est ici: http://schatzlab.cshl.edu/publications/posters/2015/2015.GI.NextGenMap-LR.pdf Vous pouvez également consulter Sniffles - détecte les variantes structurelles à partir des données de 3e génération. https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles


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Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
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