Sur la plupart des gènes codants (à l'exception des gènes d'histones dépendant de la réplication), les transcriptions (par opposition à la transcription ) se terminent par des sites de polyadénylation de clivage, où le transcrit est clivé par un complexe protéique et la queue poly-A. Cependant, PolII continue de transcrire jusqu'à ce qu'il soit terminé par la terminaison de torpilles (voir ici). Normalement, cet ARN supplémentaire après le site polyA est dégradé par Xrn2, mais si vous capturez un instantané particulier de l'ARN dans la cellule à un moment donné, il y aura une petite quantité qui correspond à cette analyse lors de la transcription.

L'idée générale derrière un fragment run-on est qu'il s'agit d'un bruit de fond. Cela provient d'une zone ouverte du génome qui se trouve à côté d'une zone en cours de transcription. Ainsi, toutes les machines de transcription sont déjà présentes, donc si la région adopte un peu plus une conformation ouverte, alors cette machine peut se lier sporadiquement et commencer la transcription. Vous pouvez obtenir ces gènes en amont ou en aval. Beaucoup de choses comme celle-ci ne sont que du bruit de fond de transcription.