Je voudrais demander si quelqu'un a de l'expérience dans l'exécution d'un sous-ensemble du pipeline PASA, en particulier pour la réconciliation de certains «transcriptions» expérimentales avec l'annotation de référence.

Plus en détail, je travaille avec les données RNA-seq de D. melanogaster . J'ai reconstruit les «transcriptions» en utilisant Trinity. J'ai aligné ces «transcriptions» sur le génome de référence en utilisant GMAP. Maintenant, je voudrais faire correspondre ces «transcriptions expérimentales» avec l'annotation de référence, pour voir comment ils se comparent.

Je me demandais si je pouvais exécuter juste un sous-ensemble de l'ensemble du pipeline PASA, donc en gros sauter l'étape d'alignement à la référence et en utilisant le fichier d'alignement que j'ai généré en externe.

De plus, je serais heureux de recevoir une redirection plus générale vers tout logiciel publié permettant la comparaison des transcriptions expérimentales à l'annotation de référence.

Publication croisée sur les utilisateurs pasapipeline du groupe PASA Google

Publication croisée sur les biostars