Est-il possible de dessiner par exemple 95% d'ellipses de confiance autour des échantillons du même groupe sur les résultats de la fonction plotMDS sous edgeR? Si oui, comment?
Est-il possible de dessiner par exemple 95% d'ellipses de confiance autour des échantillons du même groupe sur les résultats de la fonction plotMDS sous edgeR? Si oui, comment?
Je peux voir qu'il y aurait un processus en trois étapes pour faire cela:
Fusionner les décomptes de tous les échantillons du groupe, puis rééchantillonner les pseudo-répliques à partir de cela. Si x
est une matrice avec des échantillons dans le groupe étant des colonnes et des gènes des lignes
s <- sample (row.names (x), n = mean (colSums (x)), probs = rowSums (x) / sum (rowSums (x)) stab <- table (s) s <- as.vector (stab) names (s) <- names (stab)
Faites cela des milliers de fois.
Vous voudrez alors les projeter sur votre espace de tracé MDS - je ne sais pas trop comment vous pourriez faire cela sans perturber l'espace lui-même.
Calculez le paramètre d'une ellipise qui contiendrait 95% de ces points. Encore une fois, je ne sais pas trop comment faire cela, mais Je pense que la voiture
pacakge pourrait être un bon endroit pour commencer à chercher.