Question:
Comment puis-je ancrer une protéine à un acide nucléique?
John Deo
2017-06-27 21:55:20 UTC
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J'ai une protéine d'intérêt et j'aimerais maintenant savoir comment elle interagit avec l'ARN. J'ai des structures des deux molécules.

Quel outil puis-je utiliser?

Vous voulez dire une molécule d'ARN spécifique, non? Pas d'ARN en général?
Autodock Vina est un outil courant pour les études de liaison de ligand, si l'étirement de l'ARN n'est pas trop grand, je soupçonne qu'il peut fonctionner avec Vina.
Un répondre:
Marcin Magnus
2017-06-28 04:24:39 UTC
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Je ne suis pas sûr de ce que vous vouliez dire, mais vous pouvez jeter un œil à NPDock (avertissement, nous avons écrit cet outil). Si vous avez une structure de votre protéine d'intérêt, vous pouvez l'ancrer à la structure de votre ADN / ARN d'intérêt. N'oubliez pas qu'il s'agit d'un amarrage de corps rigide, ce qui signifie que la structure ne changera pas lors de la liaison.



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