Il existe une très belle base de données, pdbcull (également connue sous le nom de serveur PISCES dans la littérature). Il filtre le PDB pour une haute résolution et une identité de séquence réduite. Il semble également être mis à jour régulièrement. En fonction des seuils, vous obtenez entre 3000 et 35000 structures.

Si vous êtes spécifiquement intéressé par les rotamères, vous pouvez plutôt regarder top8000, où ils ont vérifié pour une haute résolution et de bons scores MolProbity. Ils fournissent également une base de données rotamère.

PDB fournit également leur propre clustering. Ils regroupent d'abord les séquences, puis extraient une structure représentative pour chacune d'elles, en fonction du facteur de qualité ( 1 / résolution - R_value ). Cela a l’avantage d’être complet, mais vous aurez de mauvaises structures alors qu’aucune bonne n’a jamais été obtenue.

Si vous choisissez d'effectuer votre propre sélection de la PDB, la résolution est probablement la première chose que vous voudrez regarder, qui, comme le mentionne Davidmh, est le principal critère de sélection pour PISCES. Les structures de haute qualité auront également de meilleures valeurs de facteur R. Vous pouvez également donner la préférence en fonction de la technique expérimentale, par ordre décroissant de qualité:

Diffraction neutronique, diffraction des rayons X, RMN solution / état solide, microscopie électronique / cristallographie, diffraction sur fibre, diffusion de solution.